只要有總離子流色譜圖，就可以提取掃描質量范圍內任何質量的離子流圖，即質量色譜圖。質量色譜圖可以提供許多信息，應用它可解決許多問題，如色譜峰純度檢查、追蹤目標化合物、確定同系物的碳數分布范圍、進行準確定量等，所以被稱為質量色譜法。

(1)色譜峰純度檢查和準確定量，質量色譜法可以幫助鑒別共流出組分，做色譜峰純度檢查。又因為質量色諧將兩個組分*分開了，而色譜峰則未*分開，所以用質量色譜峰面積進行定量比用色譜峰面積定量要準確得多。

(2)目標化合物追蹤鄰苯二甲酸酯類是常見的增縮劑，在分析試驗室中幾乎*，各種塑料包裝、塑料瓶蓋、樣品預處理用的一些試劑、硅膠、樹脂等都含有此類化合物。它們的沸點較高，容易殘留在色譜柱中，柱溫升高到200C以上就會流出。往往在GC/MS分析前做空白試驗時，檢查是否有這類化合物殘留，可采用質量色譜追蹤，如果有這類化合物很容易檢查出來。由鄰苯二甲酸丁酯和鄰苯二甲酸辛酯的質譜圖可知，它們有非常強的特征離子m/z 149。在空白試驗或考察GC/MS聯用本底時，采集數據過程中用m/z -149離子流圖實時追蹤，或從數據采集后得到的TIC圖中提取m/z149質量色譜圖，都能很快判斷它們是否存在。